在神秘的南极冰层里，发掘出星际之门建造者遗弃的基地。星际之门亚特兰蒂斯小队应召执行一次冒险性最大的星际之门任务——前往遥远的天马星系。亚特兰蒂斯小队遭遇不断威胁人类生命无处不在的新敌人——幽灵。

《星际之门：亚特兰蒂斯》第五季将把大部分故事线集中在与幽灵的战斗上－－只不过该剧庆祝第100集的时候，剧中众人会到拉斯维加斯大玩一把。